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if (i == count) flag = 0;

かたっぽ解決。お風呂の中だと答えが出やすい。
それにしても「とりあえずこんなもんか」と取った64の要素数が
意外と少ないことにびっくり。
たった100までで25個もあるんだよ？
1000だったらいくつになるんだよ、ということですよ。あ、やってみよ、512ぐらい取って。
168個。
多いのか少ないのかよくわからんな。
というわけで完成。

#include 

#include 
int main(void)

{

	char GetMax[5];

	int PrimeBox[512];

	int Max = 0,count = 0,i = 0,num = 0,flag = 0,PCount = 0;

	

	/*配列PrimeBoxを初期化*/

	for (i = 0;i <= 512;i++) {

		PrimeBox[i] = NULL;

	}

	

	printf("自然数を入力してください:");

	

	do {

		fgets(GetMax,sizeof(GetMax),stdin);

		Max = atoi(GetMax);

	} while (Max <= 0);

	

	for (i = 0;i <= Max;i++) {

		flag = 1;

		count = 2;

		

		/*割り切れた場合はフラグを折る*/

		do {

			if (i % count == 0) flag = 0;

			count++;

		} while (i / 2 > count);

		

		if (i == 1) flag = 0;

		if (i == 2) flag = 1;

		

		/*フラグが立っている場合はPrimeBoxにiを代入する*/

		if (flag == 1) {

			PrimeBox[num] = i;

			num++;

		}

	}

	

	/*PrimeBoxの中身を表示*/

	while (PrimeBox[PCount] != NULL) {

		printf("[%d]%d\n",PCount,PrimeBox[PCount]);

		PCount++;

	}

	

	printf("これを数えれば落ち着けるはずです\n");

	

	return 0;

}

入力を受けつけ、その数値までの素数を表示。
フラグ操作を理解しやすいように変更。
1と2の例外処理を追加。
意味のわからない名前だった変数ccをPCountに変更。


PrimeBoxは動的配列にしたほうがいいかもしれない。